本宗は大日如来の教令輪身大龍王大聖不動明王を本尊と仰ぎ、弘法大師の開顕実証された両部神道の教義を宣布し修験道の秘法を実修実証して教師の育成に努め、信者を教化指導し社会の福祉と人類の和楽に寄与するために事業を行うことを目的とする。

本宗は日本に於いて仏教伝来以前より培われてきた記紀（古事記、日本書紀）神話に見られるような自然崇拝の多神教的精神文化を本に秘密教主大日如来を中心とした神仏習合の修験道の形式をとる。

出家とは本来、釈尊が王宮を出られて、家族、名誉、地位、財産一切を捨てて求道の生活に入られた如く、俗世間を出て仏道生活に徹することを出家と呼ぶ。
しかし、大乗仏教の日本に於いては、家庭を持ち、仕事に従事しながら精神的出家、在家菩薩を目指す。いわゆる在家のままの出家であり修験真言宗では従って有髪のままの得度（お坊さんになること）を可とする。